ОСНОВЫ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИLAB NOTES / 004
ЛАБОРАТОРИЯ 04 / ГАРМОНИЧЕСКИЕ СВЯЗИ

Динамика трёх частиц

Проследите, как компьютер находит расстояния между частицами, складывает силы и обновляет координаты. Любой шаг траектории можно разобрать по операциям с подстановкой чисел.

Движение цепочки

2D · VELOCITY VERLET · БЕЗРАЗМЕРНЫЕ ЕДИНИЦЫ
ТЕКУЩЕЕ СОСТОЯНИЕ
t = 0
Суммарная сила на частицу
Длина связи 1–2—
Длина связи 2–3—
Шагов выполнено0

Сила на частицу

Координаты —Скорость —
ВкладFₓFᵧ

Частица 2 получает вклад от обеих связей. Сложите x- и y-компоненты отдельно.

Энергия и импульс

U   K   E
Сумма сил ΣF
—
Импульс Σmv
—
Отклонение E от E₀
—
Наибольшее |ΔE| / E₀
—

В точной динамике ΣF = 0, импульс и энергия сохраняются. Сравните отклонение энергии при двух значениях Δt.

Один шаг изнутри

VELOCITY VERLET

Выполняйте операции по порядку и возвращайтесь к уже рассчитанным. До последней операции частицы на схеме остаются в исходном состоянии шага. Все показанные числа округлены для чтения.

Готово к разбору текущего шага.

    Формулы модели

    РАССТОЯНИЕ И ЭНЕРГИЯ

    r = √(Δx² + Δy²)
    U = ½k(r − r₀)²

    Разность координат (Δx, Δy) указывает от первой частицы связи ко второй. Чем сильнее связь растянута или сжата, тем больше её энергия.

    ПАРНАЯ СИЛА

    Fi←j = k(r − r₀) Δr / r
    Fj←i = −Fi←j

    Здесь Δr — вектор от i к j. При r > r₀ частицы притягиваются, при r < r₀ отталкиваются. Силы на концах одной связи равны по модулю и противоположны.

    ОТ СИЛЫ К ДВИЖЕНИЮ

    Fi = Σj Fi←j
    ai = Fi / mi

    Ускорение каждой частицы задаёт сумма сил на неё. Velocity Verlet меняет скорость за два полушага, используя силы до и после обновления координат.

    Учебная система движется в плоскости. В модели есть только две гармонические связи 1–2 и 2–3. Угол между ними свободен, а частицы 1 и 3 друг на друга напрямую не действуют.